生信数据分析代做｜免疫浸润、甲基化、16S 微生物、代谢 / 蛋白组、TCGA/GEO 公共转录组一站式分析

一、TCGA/GEO 转录组公共数据库挖掘（基础热门方向）

标准分析流程

1. 数据下载校正：TCGA 临床表达矩阵、GEO 芯片 / RNA-seq 原始数据、批次校正去除批次效应
2. 差异基因筛选：limma/DESeq2，火山图、MA 图、差异热图
3. 功能富集：GO、KEGG、GSEA、GSVA、Hallmark 通路
4. 临床关联：生存分析 KM 曲线、ROC 诊断模型、单 / 多因素 Cox 回归、列线图 Nomogram
5. 预后模型构建：LASSO 回归风险评分、风险曲线、分组生存差异

热门拓展模块

• 肿瘤微环境打分：ESTIMATE 基质 / 免疫 / 肿瘤纯度打分
• 肿瘤干细胞干性指数 mRNAsi、铁死亡 / 铜死亡 / 焦亡 / 坏死性凋亡等炎症死亡基因集分析
• WGCNA 加权基因共表达网络，筛选关键模块 Hub 基因

二、免疫浸润深度分析（肿瘤免疫高分标配）

1. 主流算法免疫细胞打分
   CIBERSORT、CIBERSORT-ABS、ssGSEA、xCell、MCP-counter、TIMER
   输出 22 种 / 数十种免疫细胞丰度矩阵、分组差异箱线图、热图
2. 免疫关联分析

• 免疫细胞与风险基因 / 预后模型相关性散点图
• 免疫检查点分子（PD-L1、CTLA4、LAG3 等）表达差异
• 免疫治疗响应预测、T 细胞耗竭、肿瘤免疫抑制微环境解析

3. 免疫评分、基质评分、免疫表型分组、免疫细胞生存预后分析

三、DNA 甲基化芯片 / 测序分析（表观遗传）

1. 甲基化数据预处理：IDAT 归一化、β 值 / M 值转换、探针过滤校正
2. 差异甲基化位点 DMP、差异甲基化区域 DMR 筛选
3. 启动子 / 基因体甲基化、CpG 岛注释，甲基化位点对应基因
4. 甲基化与基因表达联合：甲基化负调控基因筛选
5. 临床预后：甲基化位点生存、甲基化亚型分型、肿瘤分型
6. 配套绘图：甲基化位点热图、染色体分布圈图、差异火山图

四、16S rRNA 微生物扩增子分析

1. 原始数据质控、降噪 DADA2/UPARSE、ASV/OTU 聚类、物种注释 Silva
2. 多样性分析
   Alpha 多样性（Chao1、Shannon、Simpson）箱线图；Beta 多样性 PCoA、NMDS、PCA、ANOSIM/ADONIS 组间差异检验
3. 物种差异分析
   门 / 纲 / 目 / 科 / 属水平堆叠柱状图、LEfSe 差异标志物、随机森林
4. 关联分析
   菌群与宿主基因表达、临床指标、代谢物相关性热图、共发生网络图

五、代谢组数据分析（靶向 / 非靶向 LC-MS）

1. 质谱预处理：峰对齐、缺失值填充、归一化、标准化
2. 多元统计：PCA、OPLS-DA、PLS-DA，分组区分度验证
3. 差异代谢物筛选：VIP、T 检验、ROC 标志物筛选
4. KEGG 代谢通路富集、脂质细分、代谢物聚类热图
5. 多组学联合：代谢物 - 基因相关性、代谢 - 菌群关联分析

六、蛋白组 & 修饰蛋白组（Label-free/TMT/DIA）

1. 蛋白定量、差异蛋白筛选、缺失值处理
2. 亚细胞定位、PPI 蛋白互作网络、MCODE 核心模块筛选
3. 磷酸化 / 乙酰化泛素化修饰位点富集、激酶调控网络
4. 联合转录组 / 甲基化多维关联，挖掘上下游调控机制

七、多组学联合整合分析（提升文章档次）

• WGCNA 联合模块、相关性回归、调控网络图
• 分层机制解析，串联基因 — 通路 — 免疫细胞 — 菌群 / 代谢物完整逻辑链

八、全套标准化交付内容

1. 完整可复现代码：R/Python 脚本，详细注释，参数可自行调整
2. 全部结果表格：差异基因、免疫打分、甲基化位点、菌群丰度、代谢物定量表
3. 期刊级高清矢量图：300DPI TIFF/PDF（热图、火山图、生存曲线、网络图、箱线图等）
4. 文字解读材料：图表图例说明、结果描述、机制分析，可直接粘贴论文结果部分
5. 运行说明文档，分组、阈值、绘图参数全部标注清晰

九、服务优势

1. 工具流程行业标准：Seurat、CIBERSORT、minfi、DADA2、limma 等主流算法，符合审稿人习惯
2. 公共数据集不用测序原始数据，仅需队列编号即可全流程挖掘
3. 可按照目标期刊调整配色、图片尺寸、字体规范（Oncogene、Frontiers、BBRC、NAR 等）
4. 交付后免费微调分组、筛选阈值、图表配色、补充简单下游分析
5. 全程数据保密，原始矩阵、分析文件不外流

对接须知